Konak Pier Alışveriş Merkezi projesinin hayata geçmesinden sonra Foça'ya taşınması gündeme gelen Güney Deniz Saha Komutanlığı'na bağlı Refakat ve Karakol Filosu, Çakabey Limanı'nı tamamen boşalttı. Bir süre önce askeri gemilerini, Alaybey Tersanesi'ne gönderen birlik, kullandığı yaklaşık 5 bin metrekarelik bölümü, bir kaç gün önce terk etti. Daha önce askerlerin nöbet tuttuğu bölümün kontrolü, Konak Pier'i işleten İZMER İnşaat Sanayi Ticaret ve Turizm A.Ş'ye geçti. Maliye Bakanlığı'nın, Pier projesi içinde yer alan ve yat limanı yapılması öngörülen Çakabey Limanı'nın bulunduğu alanın boşaltılması için Deniz Kuvvetleri'ne 60 milyon lira civarında bir parayı aktardığı belirtildi. Limanda 1974'teki Kıbrıs Savaşı'ndan bu yana görev yapan Refakat ve Karakol Filosu'nun, bir kısmının Foça'ya, bir kısmının Sahilevleri'ndeki askeri birliğe, bir kısmının da Alaybey Tersanesi'ne taşındığı kaydedildi.
2002'de Açıldı

Koyuncuoğlu Ailesi'nin sahibi olduğu İZMER A.Ş, bir bölümü Türkiye Denizcilik İşletmeleri ve bir bölümü Maliye Bakanlığı'na ait, içinde Refakat ve Karakol Filosu'nun da bulunduğu eski balık hali binası ile Pasaport Dalgakıranı'nın bir bölümünün tahsisini alarak Konak Pier projesini geliştirdi. Projeye göre İZMER balık hali binasının alışveriş merkezi, askerin kullandığı Çakabey Limanı'nın ön tarafına ise yat limanı yapılması planladı. 2002'de alışveriş merkezi olarak kullanılan Pier, faaliyete geçip kentin önemli bir prestij mekanı olurken İZMER tarafından 30 milyon dolarlık yatırım gerçekleştirildi.
Pier faaliyete geçtikten sonra mülkiyet ve ruhsat sorunlarıyla mücadele etti. Bu arada Güney Deniz Saha Komutanlığı'na bağlı Refakat ve Karakol Filosu'nun da bulunduğu bölümün boşaltması istendi. 2003 yılında yapılan görüşmeler neticesinde Maliye Bakanlığı'nın Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na 60 milyon lira ödemesi koşuluyla Refakat ve Karakol Filosu'nun bölgeyi terk edeceği belirtildi. Daha sonra Maliye Bakanlığı'nın taahhüt ettiği parayı Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na aktardığı kaydedildi.
Bu anlaşmadan yaklaşık 1 yıl sonra 30 Nisan 2004 günü İzmir'e gelen dönemin Deniz Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Özden Örnek, Çakabey Limanı'nı 1 yıl içinde boşaltacaklarını açıkladı. Maliye Bakanlığı'nın taahhüt ettiği paranın bölümler halinde kendilerine aktarılacağını belirten Örnek, "Foça'da yapacağımız limanın inşaatına önümüzdeki yıl başlarız. Gemilerimizi belki 1 yıl, belki daha önce çekebiliriz" dedi. Ancak Refakat ve Karakol Filosu, çalışmaların sürmesi nedeniyle bu açıklamadan 6 yıl sonra Çakabey Komodorluğu'nu boşaltabildi.
Refakat ve Karakol Filosu tarafından yaklaşık 5 bin metrekarelik alanın boşaltılması, Çakabey Limanı'nın ön kısmına 400 ile 650 arasında tekne kapasitesine sahip bir yat limanı yapmak isteyen İZMER'i harekete geçirdi. İlk olarak hazineye ait deniz yüzeyini kiralayıp tahsisini alarak ön aşamayı tamamlaması gereken İZMER, bunun için Maliye Bakanlığı'na bağlı Milli Emlak Genel Müdürlüğü'ne müracaat etti. Şimdi İZMER buradan ön izin verilmesini bekliyor.
İzin Alınacak
İZMER A.Ş, ön izni alması halinde Kültür ve Turizm Bakanlığı'na müracaat edecek. Kültür ve Turizm Bakanlığı ise bölgeye yat limanı kurulabilmesi için Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulu başta olmak üzere Deniz Kuvvetleri Komutanlığı, Çevre ve Orman Bakanlığı, Ulaştırma Bakanlığı, Seyir Hidrografi ve Oşinografi Dairesi Başkanlığı ve İzmir Büyükşehir Belediyesi'ne uygun görüş soracak. Tüm kurumların uygun görüş vermesi durumunda İZMER'e inşaat izni verilecek. İnşaat izninin ardından İZMER, yüzer iskelelerin bulunduğu yat limanını hayata geçirecek.
Yüzer iskeleler yapılacak
Yat limanına izin çıkması durumunda Çakabey Limanı'nın önüne yüzer iskeleler kurulacak. Buraya 450 ile 650 arasında teknenin yanaşması bekleniyor. İZMER'in bir bölümü kendisine tahsisli olan alışveriş merkezinin karşı kısmındaki dalgakıranda da yat limanına hizmet verecek tesisler kurması planlanıyor.
Liman restore edilecek
İZMER, önümüzdeki günlerde Çakabey Limanı'nda askerin kullandığı, yatakhane, yemekhane ve diğer birimleri ise restore edecek. Bu bölümleri restoran ve kafeteryaya dönüştürecek olan İZMER A.Ş, girişimcilere kiraya verecek. Yat limanı, bu bölümlerin önüne kurulacak.